אם מפיקים חשבונית בחשבשבת ניתן לכלול בה פריטים חייבים במע"מ ופריטים במע"מ אפס (לדוגמה, מכירה של מוצרי מכולת וירקות באותה חשבונית).
אם רושמים פקודת יומן של חשבונית שכוללת פריטים חייבים במע"מ ופריטים במע"מ אפס, יש לרשום פקודת יומן נפרדת עבור הפריטים שכוללים מע"מ ופקודת יומן שנייה עבור הפריטים עם מע"מ אפס.
כאשר קולטים חיוב של אגרות, ארנונה וכד', יש לרשום פקודת יומן לחובת הוצאות אגרה ולזכות הספק. אגרות, ארנונה וכד' אינן חשבוניות ולא אמורות להיות כלולות בדוח מע"מ. החשבון הראשי של כרטיסי הוצאות אלה צריך להיות: הוצאות. אך כיוון שהתנועה לא כוללת כרטיס מע"מ תשומות, היא לא תיכלל בדוח למע"מ.
