כאשר מחייבים עובדים בתלוש המשכורת חיוב הכולל מע"מ (לדוגמה, עבור ריבית על הלוואות או עבור כיבוד), יש להפיק חשבונית מס לכל העובדים יחד (או לכל עובד בנפרד) ולבטל את הפקודות הרלוונטיות שנשלחו ע"י תוכנת המשכורת.