לעתים החשבונית של הספק כוללת חיובים עם מע"מ שונה. לדוגמה, חשבונית הכוללת פריטים פטורים ופריטים חייבים, או חשבונית הכוללת שני שיעורי מע"מ (בעת שינוי שיעור המע"מ). יש לרשום פקודת יומן נפרדת לכל שיעור מע"מ.