כאשר רושמים את הייבוא באמצעות פקודות יומן (ולא באמצעות מודול הייבוא) פועלים באופן הבא:
הייבוא כולל את המרכיבים הבאים:
החשבון שמקבלים מהספק מחו"ל
חיובים עבור הובלה וביטוח בחו"ל
רשימון הייבוא
אגרות בישראל
עמלה של עמיל המכס
הוצאות בישראל (הובלה, אחסנה וכד')
החשבון שמקבלים מהספק בחו"ל אינו רלוונטי לדוח מע"מ. (מחייבים הוצאות ומזכים את הספק).
החיובים עבור הובלה וביטוח בחו"ל נרשמים כמו חשבון הספק בחו"ל, אולם יש להעמיס אותם על מחיר עלות הפריטים.
רשימון הייבוא כולל שורה (או שתי שורות) שבה מפורט המע"מ על הייבוא. רושמים את המע"מ על הייבוא באמצעות פקודת היומן הבאה:
| חובה | זכות | תאריך | אסמכתא רכש |
| מע"מ תשומות ייבוא (כרטיס חדש) | עמיל המכס | תאריך הרשימון | מספר הרשימון (9 ספרות) |
כרטיס מע"מ תשומות ייבוא מיועד רק לרישום של מע"מ ברשימון ייבוא. בעת הפקת דוח PCN874 רושמים את הכרטיס הזה בשורה: ייבוא. (הדיווח עובר הצלבה כנגד רשימוני הייבוא).
רשימון הייבוא כולל גם פירוט של אגרות. האגרות אינן מדווחות למע"מ. רושמים פקודת יומן לחובת הוצאות אגרה ולזכות עמיל המכס. ניתן לצרף אותן לפקודה של רישום המכס והחיובים בחו"ל.
החשבון של עמיל המכס כולל פירוט רשימת גבייה וכן חשבונית מס עבור העמלה ושירותים אחרים. יש לחלץ מתוך החשבון את חשבונית המס. רושמים את חשבונית המס של העמיל כמו חשבונית רכש רגילה בישראל (לחובת הוצאות עמלה, ומע"מ תשומות, לזכות עמיל המכס).
לעתים עמיל המכס מצרף לחשבון העתקים של חשבוניות מס שהופקו ע"י גורמים אחרים עבור הובלה או אחסנה בישראל. בדרך כלל חשבוניות אלה הן על שם היבואן (ולא ע"ש עמיל המכס), ולכן, יש לרשום כל אחת מהחשבוניות האלה באמצעות שתי פקודות יומן:
| מספר | חובה | זכות | תאריך | אסמכתא רכש |
| 1 | הוצאה (הובלה) | הספק (המוביל) | תאריך החשבונית | מספר החשבונית של המוביל |
| 2 | הספק (המוביל) | עמיל המכס | תאריך החשבון של עמיל המכס | מספר החשבון של עמיל המכס |
