בדרך כלל מפיקים חשבונית עצמית כאשר מקבלים שירות ממי שאינו עוסק מורשה (לדוגמה, תשלום עבור הרצאה מיוחדת). סוחרי ברזל צריכים להוציא חשבונית עצמית כשהם רוכשים גרוטאות ברזל, גם אם הספק הוא עוסק מורשה (ראה פרטים בהמשך).

ניתן להפיק חשבונית עצמית באמצעות מסמכי התוכנה. תנועות היומן נרשמות אוטומטית.

אם רושמים חשבונית עצמית באפן ידני, יש לרשום את פקודות היומן הבאות:

כמובן, תנועת יומן נוספת תירשם בעקבות התשלום (עם ניכוי במקור).

רושמים את מספר החשבונית בשדה אסמכתא ראשונה ובשדה אסמכתא שנייה (משום שהיא גם חשבונית מכירה וגם חשבונית רכש).

החשבון הראשי של כרטיס הכנסות – חייב במע"מ ובמקדמות

החשבון הראשי של כרטיס הכנסות חשבונית עצמית – הכנסות חשבונית עצמית.

כתוצאה מכך יש הפרש (בסכום החשבונית העצמית) בין סך ההכנסות בדוח מע"מ לבין סך ההכנסות בדוח מקדמות. הפרש זה הוא תקין.

כאשר מלכ"ר מקבל חיוב ללא חשבונית מס, הוא אינו מוציא חשבונית עצמית אלא רושם פקודת יומן במבנה הבא:

יש לפתוח כרטיס חשבון לכל מי שמפיקים לו חשבונית עצמית. בכרטיס החשבון שלו רושמים את מספר העוסק של מקבל השירות (החברה שמפיקה את החשבונית העצמית).

סוחרי ברזל: כאמור, סוחרי ברזל צריכים להוציא חשבונית עצמית כאשר הם רוכשים גרוטאות ברזל, גם אם הספק הוא עוסק מורשה. לכן, במקרים אלה הספק לא מוציא חשבונית, אלא רק רושם תנועת יציאה מהמלאי ופקודת יומן וקבלה על הסכום שקיבל.