לעתים הסכום הכולל של מע"מ עסקאות או מע"מ תשומות הוא במינוס (יתרה שלילית). רשות המסים אינה קולטת דוחות עם יתרת מינוס.

רשות המסים ממליצה לפתור את הבעיה באופן הבא:

פותחים כרטיס חשבון חדש עם הנתונים הבאים: שם החשבון לקוח/ספק טכני למעמ שלילי

חשבון ראשי: ספק/לקוח

מספר עוסק מורשה: המספר של החברה בה עובדים (החברה שמפיקה את הדוח)

כאשר הסכום הכולל של מע"מ עסקאות הוא שלילי, רושמים את שתי תנועות היומן הבאות:

הסיווג של החשבון צריך להיות M (חשבונית עצמית)

סכום מע"מ עסקאות / תשומות (17%( בתנועות אלו זהה ליתרה השלילית של מע"מ  העסקאות (היתרה השלילית שאותה רוצים לבטל).

בשדה אסמכתא בשתי הפקודות רושמים אסמכתא כלשהי. לדוגמא: 123456

שתי תנועות היומן הנ"ל יבטלו את היתרה השלילית של מע"מ העסקאות ויעבירו אותה למע"מ תשומות.

אם הסכום הכולל של מע"מ תשומות הוא שלילי, יש לפעול באותו אופן.

ההנחיה של רשות המסים מופיעה באתר:

http://ozar.mof.gov.il/taxes/divuahMekuvanFaq.htm

שאלה מספר 20.