יש לרשום את התנועות של קופה קטנה לחובת ההוצאה ומע"מ תשומות ולזכות חשבון חו"ז של הקופה, לדוגמה, קופה קטנה של משה כהן (ולא לזכות כרטיס האשראי). בהמשך רושמים פקודת יומן נוספת עבור התשלום, לדוגמה: לחובת קופה קטנה משה כהן, לזכות כרטיס האשראי.
אם יש כרטיס אשראי המיועד לקופה קטנה, ניתן לרשום פקודת יומן לחובת ההוצאה ומע"מ ולזכות כרטיס האשראי, ולכלול את חשבון כרטיס האשראי בקוד המיון של קופה קטנה. יש להקפיד על כך שכל התשלומים בכרטיס האשראי יהיו רק עבור הוצאות שהמע"מ עליהן הוא עד 300 ₪. אם יש אפשרות שלעתים ישתמשו בכרטיס האשראי לתשלום גבוה יותר, יש לרשום את פקודת היומן לזכות מקבל התשלום (ולא כרטיס האשראי) ולרשום פקודת יומן נוספת לחובת מקבל התשלום ולזכות כרטיס האשראי.
